Merupakan Program Studi Pascasarjana pertama di lingkungan Fakultas. Program studi ini didirikan pada tahun 2000 dengan konsentrasi Otonomi Daerah, Pengembangan Masyarakat, dan Kebijakan Publik.

Visi

Menjadikan Program Studi Magister Ilmu Administrasi sebagai pusat unggulan (center of excellence) Ilmu Administrasi secara terkemuka, modern dan islami Nasional dan Regional pada 2025.

Misi

1. Menyelenggarakan proses pembelajaran Ilmu Administrasi Publik yang unggul berbasis teknologi informasi dan komunikasi  terkini sesuai dengan nilai-nilai dalam ajaran Islam.
2. Mengembangkan kurikulum Otonomi Daerah, Pengembangan Masyarakat, dan Kebijakan Publik dengan berbasis nilai-nilai ajaran Islam sehingga diperoleh lulusan yang berintegritas sesuai dengan kebutuhan pasar.
3. Melakukan penelitian dan pengkajian tentang masalah-masalah kontemporer dalam Otonomi Daerah,  Pengembangan Masyarakat, dan Kebijakan Publik dalam bingkai nilai-nilai Islam.
4. Mengembangkan pelaksanaan pengabdian kepada masyarakat dalam bingkai nilai-nilai Islam melalui kerjasama dengan Asosiasi Program Studi, Asosiasi Penelitian, Muhammadiyah, dan organisasi kemasyarakatan lainnya untuk mengatasi masalah-masalah sosial dan politik.